本作は「A列車で行こう3D」を『Newニンテンドー3DS』へと対応させた製品となります。ゲーム内容に大きな変更はなく、基本的には同じゲームですが、『Newニンテンドー3DS』でプレイした時には強化された性能が発揮され、スムーズで高速、快適なプレイが可能となります。