初代「Ａ列車で行こう」の持つストーリー性、パズル性を前面に押し出した本作では、あなたは志半ばにして他界した父親の遺志を継ぎ、鉄道会社を経営することになります。父の悲願は、大陸横断鉄道の完成。しかし、ライバル社も西海岸一番乗りの栄光を狙い、着々と線路の敷設を進めています。果たしてライバル会社との熾烈な競争に打ち勝ち、大陸横断鉄道を完成させることが出来るのか？ドラマティックな展開の、「A列車特別編」。